Come vorreste che fosse...

Yugi Muto non ha amici ed è continuamente vessato da due bulli: Jonouchi e Honda. Un giorno, dopo la scuola, il capo dei "moralisti" vorrebbe punire Jonouchi e Honda per i loro atti di bullismo contro Yugi. Dapprima sembra avere un'aria bonaria, dicendo a Yugi che non deve farsi trattare in quel modo e che lui può proteggerlo, ma si scoprirà che in realtà vuole soltanto farsi pagare per il suo lavoretto. Yugi si frappone tra il ragazzaccio ed Jono e Honda, venendo pestato al loro posto... da allora diventerà grande amico dei due. Yugi ha da tempo un puzzle misterioso, regalatogli dal nonno Sugoroku Muto, che lo trovò anni fa quando ancora cacciava i tesori in Egitto. Si dice che nessuno è mai riuscito a ricomporre quel puzzle, ma quel giorno, tornando a casa da scuola tutto preoccupato per non avere i soldi da pagare, Yugi ha come un'illuminazione e riesce a ricomporlo in una sola volta. Da allora si scopre che il puzzle ha in realtà lo spirito di un faraone dentro di sé, ed in certe occasioni si manifesta tramite Yugi. L'aspetto fisico del ragazzo non cambia di molto, ma il suo sguardo diventa più "aggressivo" e rude. Anche il vestito è un po' differente: inizialmente sarà come la divisa scolastica ma con delle decorazioni egizie. Più avanti i vestiti cambieranno ogni tanto.

Il protagonista, dopo aver risvegliato lo spirito del faraone, arriverà all'appuntamento col ragazzo cui deve i soldi ma farà con esso un "Gioco delle Ombre", facendolo illudere di essere pieno di soldi: il giorno dopo, quando i ragazzi entrano a scuola lo vedono nel cortile che gioca con delle foglie... Il gioco delle tenebre del faraone non fa altro che mostrare la vera natura delle persone. Ad esempio, in un'altra occasione si vede un reporter girare un articolo per poi stravolgere tutto quel che ha ripreso: Yugi, coi suoi poteri trasformerà i suoi occhi in dei "mosaici", a rappresentare il fatto che quell'uomo vuole sempre distorcere la verità... ed anche lui la vedrà distorta.

Yu-Gi-Oh! GX inizia 10 anni dopo gli eventi di Yu-Gi-Oh!, con il protagonista, Jaden Yuki, che ottiene la carta Kuriboh Alato da Yugi Mutou, il famoso campione di Duel Monsters, mentre si reca all'esame di ammissione dell'Accademia del Duellante o Duel Academia.Per i primi due anni all'Accademia del Duellante, i personaggi principali affrontano i più svariati pericoli, inclusi i Cavalieri delle Ombre, che vogliono riportare in vita le Bestie Sacre tramando per ottenere una forte concentrazione di duelli nell'isola, come anche la Società della Luce, che intende schiavizzare l'umanità attraverso il controllo della mente operato con un satellite di proprietà del regno di Misgarth.

Il protagonista è Yusei Fudo, un ragazzo del Satellite, la metà povera e sfruttata della lussuosa Nuova Domino. Fugge nella ricca città per cercare la libertà della sua gente e trovare Jack Atlas, il Re dei Duelli Turbo, nonché vecchio amico che lo ha tradito rubandogli la Duel Runner e la carta Drago Polvere di Stelle, la quale rappresentava l'unica possibilità per Yusei ed i suoi amici di lasciare il Satellite. La rivalità fra i due ex-alleati si risolve con una vittoria del giovane Fudo nella Fortune Cup, un torneo organizzato da Rex Goodwin, il direttore di Nuova Domino, per radunare i predestinati (Yusei, Jack, Akiza e Luna) ed accertarne l'identità. I predestinati portano sul braccio il segno del Drago Cremisi, una creatura che veniva venerata dall'antico popolo delle Stelle e che li ha scelti per salvare il mondo. Riunitisi, i quattro ragazzi devono affrontare i predestinati oscuri, eletti dalle ombre, che vogliono risvegliare il re degli inferi e far sprofondare la Terra nel suo mondo.

Ambientata nel futuro, nella città di Heartland, la storia si concentra su Yuma Tsukumo, un giovane duellante che mira a diventare il campione assoluto di Duel Monsters. Un giorno, durante un duello con Shark, il bullo della scuola, un misterioso spirito, Astral, lo aiuta a vincere. Astral spiega a Yuma che sta cercando di recuperare la memoria perduta, trasformata nelle carte di 99 mostri Xyz chiamati Mostri Numero. I Mostri Numero hanno il potere di prendere il controllo del duellante che li usa e far emergere il suo lato oscuro. Per recuperare le 99 carte, Astral e Yuma fanno squadra e, usando il potere di Zexal, devono lottare contro i cacciatori di Mostri Numero, che vogliono distruggere la terra natia di Astral.

La serie introduce i Duel Gazers e i Duel Pads, versioni evolute dei Dueling Disks, e i mostri Xyz (Exceed): sovrapponendo due o più mostri dello stesso livello, si può evocare un mostro Xyz che abbia quel rango. I mostri sovrapposti non scompaiono dal campo di gioco e possono essere usati per attivare gli effetti dei mostri Xyz, ma solo una volta.